中医学是指以中医药理论与实践经验为主体，研究人类生命活动中医学中健康与疾病转化规律及其预防、诊断、治疗、康复和保健的综合性科学。中医学属于在阴阳五行理论指导下、从动态整体角度研究人体生理病理药理及其与自然环境关系、寻求防治疾病最有效方法的学问。任何一种理论，如果不具备整体观念的特色，它就不会是完全意义上的中医学，具备了整体观念若是还不具备动态的性质，那么，这种理论也就还没有完全把握到中医学的真谛。“整体观念”和“辨证论治”是中医理论的基本特色，但现有的中医学，除了《中医生理病理系统论》，几乎还没有人能达到这样的能全方位的突出“整体观念”和“辨证论治”特色的，既能揭示脏腑的阴阳气化规律、沟通与天地阴阳气化规律联系，又能揭示疾病的证侯规律的理论体系。 比如说中医学有从整体观念角度形成的“正气与邪气是构成疾病的基本矛盾”的概念，按理说这应该是中医确定病名的理论依据。然而，由于其几乎丧失了阴阳五行理论对其的指导作用与价值，必然就分不清“病因”与“证因”的区别与联系，意识到“病”和“证”是构成疾病的基本要素，而是把“病因”与“证因”混为一谈，甚至最后连病症这些分别处于不同逻辑范畴的概念也混淆。然而，阴阳五行属于中国古代哲学范畴，将哲学和医学混为一谈，这使得部分人不能信服，也成为了质疑其科学性者的依据。
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